Características estruturais e limnológicas de pequenos riachos são fortemente influenciadas pelo ambiente de entorno, e afetam direta e indiretamente a fauna local. Por isso, é provável que diferentes fitofisionomias afetem as características ambientais e ictiofaunísticas de riachos de cabeceira na Amazônia, alterando a estrutura e composição das assembleias de peixes. A presente dissertação teve por objetivo determinar: 1) se há diferenças nas assembleias de peixes de riachos em áreas de floresta e savana amazônica de uma mesma bacia hidrográfica no Estado do Amapá, e 2) como essas assembleias estão relacionadas com a fitofisionomia e as características ambientais locais dos riachos. Foram amostrados 12 riachos em áreas de floresta contínua, quatro na savana amazônica e quatro em manchas de floresta na savana. Uma Análise de Componentes Principais (PCA) foi utilizada para ordenar as variáveis ambientais (temperatura da água, profundidade média, presença de pedras no substrato e cobertura vegetal). As assembleias de peixes foram ordenadas com uso de Escalonamento Multidimensional não-Métrico (nMDS), com base em matriz de dissimilaridade de Sørensen para os dados de presença-ausência e de Bray-Curtis para número de indivíduos. As relações entre composição e estrutura das assembleias de peixes e as variáveis ambientais foram testadas por meio da Análise de Variância, Regressão Múltipla e Análise de Covariância. A estrutura das assembleias de peixes foi relacionada principalmente com o tamanho dos riachos; os riachos de savana apresentaram uma quantidade menor de indivíduos e espécies. A composição das assembleias de peixes diferiu entre os riachos nas diferentes fitofisionomias, com duas espécies exclusivas dos riachos de savana, o que indica a importância da conservação do mosaico de fitofisionomias para a diversidade regional de peixes de riachos. A cobertura vegetal e a composição do substrato foram relacionadas com a composição das assembleias de peixes, mas a variável mais relacionada foi a temperatura da água. Isto indica que alterações na temperatura ambiente decorrentes do uso intensivo da terra, bem como as alterações climáticas resultantes do aquecimento global em curso, podem afetar os ambientes de riachos na Amazônia e resultar em mudanças na composição das assembleias de peixes, com risco de extinção de espécies.