A Estação Ecológica (ESEC) Tupinambás está inserida na Zona Costeira (ZC) do Estado de São Paulo, Brasil. Esta região encontra-se sob grandes transformações e riscos decorrentes da sobrepesca e do crescimento econômico e demográfico acelerado. Para minimizar os efeitos nocivos crescimento acelerado é necessário uma atualização constante das estratégias de gestão ambiental. Além disso, a ESEC possui um longo histórico de conflitos de interesses com a Marinha do Brasil (MB) devido ao uso de suas áreas e entorno, no Arquipélago dos Alcatrazes, para treinamentos militares. O trabalho aqui apresentado relata o histórico de gestão e analisa a inserção da Unidade de Conservação (UC) no contexto de gerenciamento costeiro do Estado de São Paulo. As análises foram embasadas por levantamentos bibliográficos e do arcabouço legal, diagnósticos participativos, consultas a documentos e a atores chave e, levantamentos primários e secundários para a elaboração do Plano de Manejo (PM). O Plano Estadual de Gerenciamento Costeiro (PEGC-SP) contempla o ordenamento de 17% da faixa marítima da ZC, deixando grandes lacunas de ordenamento e/ou sobrepondo-se com UCs marinhas num arcabouço complexo de regulamentações e jurisdições sob responsabilidade de diferentes agências e esferas de governo. Além disso, não há integração efetiva dos instrumentos de gerenciamento do PEGC-SP com essas UCs. O PM da ESEC foi elaborado com uma metodologia participativa inédita no planejamento de UCs federais e propôs um programa de monitoramento participativo para mensurar a efetividade do planejamento e incentivar a integração de agências e atores chave na gestão. É necessário que haja continuidade de gestão que possibilite a implementação e revisão constante do planejamento proposto no PM da ESEC para que este seja efetivo para gestão planejada e participativa contribuindo para potencializar os efeitos sinérgicos das diversas estratégias de ordenamento territorial.