O território limítrofe de Ubatuba-Paraty constitui uma área importante para a conservação da biodiversidade da Mata Atlântica, que abrange um trecho das áreas protegidas do Mosaico Bocaina com expressiva presença de populações tradicionais. Mas a urbanização desordenada, a especulação imobiliária e a instalação de obras de infraestrutura estão exercendo uma pressão crescente sobre as áreas protegidas. Diferentes instrumentos de ordenamento territorial foram instituídos com o objetivo de planejar os usos do território e conservar os ecossistemas costeiros. Ocorre que cada instrumento tem escalas e objetivos de gestão distintos, dificultando a sua aplicação integrada pelos diferentes órgãos competentes. Diante desse contexto, esta dissertação tem por objetivo analisar os conflitos e as complementaridades entre os instrumentos de ordenamento do território limítrofe de Ubatuba-Paraty. Outro objetivo é analisar como tais instrumentos afetam os direitos territoriais de comunidades caiçaras, quilombolas e indígenas. Os resultados do trabalho revelam que os instrumentos de ordenamento territorial teoricamente guardam sintonia entre si e são aparentemente complementares. Mas, em muitos casos, esses instrumentos são contraditórios e revelam os conflitos territoriais por conta de interesses imobiliários sobre áreas naturais protegidas ou com presença de populações tradicionais. Também demonstram os dilemas de conciliar interesses na preservação e no uso da biodiversidade em áreas ocupadas por caiçaras, quilombolas e indígenas. Os instrumentos analisados geram dúvidas e interpretações diversas sobre quais regras são aplicáveis. Ademais, eles estão suscetíveis à ingerência política, são prejudicados pela reduzida capacidade institucional de gestão e refletem a assimetria de poder entre os grupos sociais. O trabalho apresenta parâmetros para a gestão dos conflitos territoriais identificados, a aplicação dos instrumentos em cada comunidade e um resumo da situação dos direitos das populações tradicionais. As conclusões indicam a necessidade de adotar mecanismos de atuação coordenada entre os órgãos de gestão territorial. Apontam o Mosaico Bocaina, que congrega órgãos de todos os níveis de governo e entidades da sociedade civil, como o fórum mais adequado com o potencial para trabalhar a gestão dos conflitos, integrar a gestão do território e articular a concretização dos direitos territoriais das populações tradicionais.