Este estudo averiguou a diferença na composição e riqueza de espécies de anfíbios anuros em matas de galeria, dentro e fora de duas unidades de conservação do Distrito Federal, Brasil. Foram registradas oito espécies ao longo de onze meses de amostragem. Este pequeno número de espécies parece constituir um padrão regional. A abundância e composição de espécies foram diferentes dentro e fora das unidades de conservação. Maior riqueza e diversidade foram encontradas no interior das UCs. Os resultados indicam que Aplastodiscus perviridis e Bokermannohyla pseudopseudis apresentam baixa tolerância à degradação dos ambientes naturais, representando bioindicadores de qualidade para as matas de galeria do DF. Os troncos caídos, a ocupação humana e as poças foram as variáveis ambientais mais importantes para explicar a variação na composição e abundância das espécies ao longo das matas de galeria. Hypsiboas goianus apresentou forte relação com a presença de ocupação humana e troncos caídos, sugerindo que se trata de uma espécie oportunista de ambientes degradados. A presença de poças e alagados representou um importante atributo para explicar a distribuição e abundância de Aplastodiscus perviridis. A repartição da variação total da taxocenose mostra que a estruturação espacial não é determinada apenas por variáveis do ambiente, sendo que cerca de 20,3% da variação foi explicada pelo componente puramente ambiental, enquanto o componente puramente espacial explicou aproximadamente 8,3% e o componente ambiental estruturado espacialmente cerca de 15,5%. A maior parcela da variação total da taxocenose não foi explicada pelas variáveis explanatórias (55,9%).