Os métodos de seleção de áreas para a implementação de Unidades de Conservação e respectivos zoneamentos evoluíram ao longo do tempo, partindo de justificativas voltadas para as belezas cênicas e preservação de zonas de caça e atingindo atualmente a complexidade do Planejamento Sistemático para a Conservação. Considerando alvos mais claros de conservação através de processo no qual a transparência nas tomadas de decisão toma destaque, o mapeamento dos recursos ambientais é considerada parcela de grande importância nesse tipo de planejamento espacial.Dentre os recursos que podem ser elencados como alvos de conservação, a Paisagem Marinha (seascape) se destaca por representar geodiversidade e pela sua possível utilidade como Recurso Ambiental Substituto (surrogates), dentre uma infinidade de alvos de conservação passiveis de uso e representando, por vezes, uma grande complexidade de processamento de dados espaciais. Auxiliando nessa complexidade, Sistemas de Informações Geográficas (SIGs) representam uma tecnologia necessária e que ao longo do tempo vem se desenvolvendo em paralelo a problemas associados ao uso do espaço.Na presente tese, realizaram-se trabalhos de mapeamento de características abióticas do fundo marinho de Unidades de Conservação Federais, (morfologia, natureza de fundo e zoneamento fótico), que combinados como camadas de referência, e na tentativa de adaptar método internacionalmente consagrado à realidade brasileira, deram origem a mapas de Paisagem Marinha dessas áreas. Ensaios de análise de Métricas de Paisagem compuseram parte dessa tese, aplicados sobre a paisagem total de três áreas, assim como sobre Unidades de Planejamento, que compartimentaram as áreas de estudo de forma a compara-las entre si. Agrupamentos por semelhanças foram testados, objetivando verificar a aplicabilidade do método para a diferenciação das áreas em função da Paisagem Marinha e sua aplicabilidade na gestão.Finalizando, contribuição ao zoneamento da APA Costa dos Corais foi elaborada através da aplicação do MARXAN, programa específico para uso em gestão espacial da conservação, onde a Paisagem Marinha foi utilizada como alvo de proteção e no qual a complexidade dessa paisagem compôs parte das simulações, influenciando os custos de manejo e os resultados finais alcançados. Resultados inéditos para essas áreas naturais demostraram a aplicabilidade do método, que se mostrou eficiente em caracterizar os ambientes marinhos estudados, fornecendo subsídios técnicos complementares para a gestão de Unidades de Conservação.
Palavras chave: Unidades de conservação. Zoneamento. Paisagem marinha. Tipo de fundo.morfologia de fundo. Zoneamentofótico. Marxan.