Objetivou-se determinar a ocorrência de patógenos em aves silvestres em unidades de conservação (UC) do estado da Paraíba, Mata Atlântica, e da Bahia, Caatinga, com ênfase em zoonoses, doenças importantes para a avicultura comercial e de impacto na saúde das aves silvestres. Ao todo, foram examinadas 636 aves da Mata Atlântica e 1296 na Caatinga, representando um total de 125 espécies, 38 Famílias e 13 Ordens. Para a pesquisa da presença dos vírus Influenza Aviaria, Doença de Newcastle e Febre do Nilo Ocidental foram testados 529 indivíduos e todas as aves foram consideradas saudáveis e negativas para os vírus testados. Mycoplasma spp., Salmonella spp., Chlamydia psittaci e outras bactérias foram investigadas a partir de suabes cloacais e orofaríngeos. Destes, 31/288 amostras (10,76%) foram positivas para Mycoplasma spp., mas nenhuma para M. gallisepticum ou M. synoviae. Somente 0,70% (2/287) foram positivas para C.psittaci. Além disso, 132/295 suabes cloacais apresentaram crescimento bateriano e 58,02% deles referiam-se a bactérias Gram-negativas do grupo enterobactérias, algumas multirresistentes a antiobióticos, e nenhuma correspondente a Salmonella spp....